Un arrêté ministériel du 24 avril 2006 a intégré le site du lac Léman dans le réseau européen Natura 2000 au titre de la Directive « Oiseaux ». La zone de protection spéciale ainsi créée se compose de trois secteurs répartis sur les communes de Chens-sur-Léman, Excenevex, Sciez, Margencel, Anthy-sur-Léman et Thonon-les-Bains, pour une surface totale de 1 251 hectares.
Un premier secteur concerne les roselières situées en bord de rives sur la commune de Chens-sur-Léman, la sablonnière et quelques parcelles agricoles.
Un deuxième secteur comprend la baie de Coudrée (rives et partie lacustre), le domaine de Guidou et le marais de Niva sur la commune de Sciez ainsi que les plages de Coudrée et d’Excenevex, séparées par l’embouchure du Vion.
Un troisième secteur recouvre le domaine de Ripaille sur la commune de Thonon-les-Bains.
Les objectifs de la Directive « Oiseaux » sont la protection d’habitats permettant d’assurer la survie et la reproduction des oiseaux sauvages rares ou menacés ainsi que la protection des aires de reproduction, de mue, d’hivernage et des zones de relais de migration pour l’ensemble des espèces migratrices.
Le document d’objectifs (DOCOB) du site Natura 2000 « Lac Léman » a été validé par arrêté préfectoral en date du 18 juillet 2012. Il définit les objectifs de gestion du site et les traduit en actions ou mesures susceptibles de maintenir les espèces dans un état de conservation favorable.
Lors de l’élaboration du DOCOB, il est apparu pertinent d’effectuer un diagnostic faune-flore sur l’ensemble du site Natura 2000 « Lac Léman » et d’étendre le secteur d’étude à l’extérieur des limites du site. Ce travail a mis en avant la présence d’espèces et d’habitats d’intérêt communautaire sur le site actuel et sur des zones complémentaires.
Sur le secteur de Thonon, la seule espèce d’intérêt communautaire qui a été répertoriée au titre de la Directive « Habitats » est le chabot, petit poisson qui fréquente les fonds caillouteux du Léman en bordure de Ripaille.
Le projet d’extension du site Natura 2000 « Lac Léman » concerne les communes de Chens-sur-Léman (43 ha de roselières et de zone lacustre soit la quasi-totalité de la frange littorale de la commune, le Vallon des Léchères pour 9 ha, deux parcelles agricoles de 7 ha propriétés du Conservatoire du littoral), Messery (35,4 ha de roselières et de zone lacustre), Yvoire et Excenevex (38,5 ha concernant la bande littorale et la zone lacustre du domaine de Rovorée).
Le conseil Municipal de Thonon a donné un avis favorable à cette extension, à l’unanimité.
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